Inside exuberant ctags (1)

exuberant ctags(以後ctags)は --exclude オプションで指定したフォルダ下を解析対象外にできますが、実はデフォルトでいろんなフォルダを解析対象外にしています。
具体的にはctags 5.7(j1)のソースコード option.c の initOptions() は以下のようになっています。

extern void initOptions (void)
{
	OptionFiles = stringListNew ();
	verbose ("Setting option defaults\n");
	installHeaderListDefaults ();
	verbose ("  Installing default language mappings:\n");
	installLanguageMapDefaults ();

	/* always excluded by default */
	verbose ("  Installing default exclude patterns:\n");
	processExcludeOption (NULL, "{arch}");
	processExcludeOption (NULL, ".arch-ids");
	processExcludeOption (NULL, ".arch-inventory");
	processExcludeOption (NULL, "autom4te.cache");
	processExcludeOption (NULL, "BitKeeper");
	processExcludeOption (NULL, ".bzr");
	processExcludeOption (NULL, ".bzrignore");
	processExcludeOption (NULL, "CVS");
	processExcludeOption (NULL, ".cvsignore");
	processExcludeOption (NULL, "_darcs");
	processExcludeOption (NULL, ".deps");
	processExcludeOption (NULL, "EIFGEN");
	processExcludeOption (NULL, ".git");
	processExcludeOption (NULL, ".hg");
	processExcludeOption (NULL, "PENDING");
	processExcludeOption (NULL, "RCS");
	processExcludeOption (NULL, "RESYNC");
	processExcludeOption (NULL, "SCCS");
	processExcludeOption (NULL, ".svn");
}

主にバージョン管理システムの管理用フォルダですね。

もし、これらのフォルダ下も解析対象にしたい場合は --exclude オプションをパラメータ無しで指定して下さい。(そんな機会はあまり無いと思いますけど)
(例)
ctags --exclude= -R

(補足)
--verbose オプションを付ければctagsの詳細動作状況が標準出力に出力されます。
※ --verbose オプションは真っ先に指定しましょう。ctagsは --verbose オプションを認識した時点から詳細出力を始めます。